2、湖庫富營養(yǎng)化問題
　　近年來，由于排入湖庫的氮、磷等營養(yǎng)物質不斷增加，水體富營養(yǎng)化進程加快。“九五”期國家重要點治理的“三湖”，即滇池、巢湖和太湖，全部都在長江流域；鄱陽湖、洞庭湖目前維持在中營養(yǎng)水平，但磷、氮含量偏高，正處于向富營養(yǎng)過渡階段；近城郊的湖泊水庫富營養(yǎng)化程度普遍較高，如杭州西湖、南京玄武湖及武漢東湖等均達富營養(yǎng)化程度。
　　滇池一直是昆明市城市供水水源地，但水質一度全部超過Ⅴ類標準，原來占滇地面積3.5%的草海接納了昆明市一半左右的廢污水，使水體黑臭，失去利用價值。
　　巢湖每年7-10月出現“水華”，湖中藻類大量繁殖，從水面下0.5米發(fā)展到1.5米深處，腥臭難聞，影響供水，1989年，剛建成不久的合肥市四水廠因水華被迫停產23天，經濟損失億元。
　　太湖中營養(yǎng)化面積占全湖70%以上，富營養(yǎng)及重營養(yǎng)化面積占10%，90年代后，每年夏秋季均發(fā)生“水華”爆發(fā)，藻類數量10年增加了5倍，1981-1994年13年間就上升了一個半～二個營養(yǎng)化級別。太湖TP的全年均值由80年代0.005mg/l上升到0.10mg/l；TN的平均濃度則由1.94mg/l上升到2.72mg/l，說明太湖水污染已十分嚴重。
　　湖庫富營養(yǎng)化的原因分析：
　　我國人均含磷洗衣粉的凈用量，80年代來為0.3kg/人.年現在已增到2.0kg/人.年,據初步測算有的湖泊，洗衣粉帶入的磷量，已占到入湖總量的20%左右。太湖流域化肥年施用量200-300萬噸，畝均100-200kg，農藥用量5萬-8萬噸，畝均2.8kg，肥料利用率不足50%，隨灌溉水或降水淋溶流入江湖并累積于湖庫之中。
　　水產養(yǎng)殖和畜禽污染也是湖庫富營養(yǎng)化的重要原因。流域內圍網養(yǎng)魚水面不斷擴大，人工投餌量不斷增加，而餌料利用率極低，造成NP直接污染，有的湖泊投餌量中的NP已占入湖NP總量的30%；此外，湖庫區(qū)風景秀麗，旅游業(yè)發(fā)展很快，賓館、飯店比比皆是，廢棄物和污水直接進入湖庫，導致流域內湖庫水質急劇惡化。
3、水土流失問題
　　根據80年代調查統計，長江流域水土流失面積56.2萬km2，年土壤侵蝕量15.68億噸。水土流失主要集中在金沙江下游，嘉陵江、沱江流域、烏江上游及重慶至鄂西的三峽庫區(qū)，上游宜昌站多年平均輸沙量達5.3億噸，其中金沙江來沙占45.3%，嘉陵江來沙占27.4%。
　　長江上游水土流失的危害主要表現在三個方面，一是破壞土地資源，制約可持續(xù)發(fā)展。長江上游山高坡陡、土層薄、雨量大而且集中，土層抗蝕年短，一旦發(fā)生水土流失，可很快造成土層變薄，地力減退，甚至發(fā)生“石化”和“砂礫化”，喪失農業(yè)利用價值。二是導致水源涵養(yǎng)能力降低，泥沙淤積，生態(tài)環(huán)境惡化，洪澇干旱災害加劇。三是水土流失淤寨河道，湖泊及水庫等水利設施，對長江中下游航運，水利工程效益發(fā)揮，水資源綜合利用以及防汛保安帶來危害和不利影響。
　　從1988年起，通過10年的努力，已累計治理水土流失面積5.3萬km2，使治理區(qū)水土流失問題得到初步控制，搶救了部分土地資源，調整了土地利用結構，提高了治理區(qū)土地的環(huán)境容量。但長江上游水土保持任務仍相當艱巨，尚有30萬km2流失面積亟等治理，而且中游的漢江上游和洞庭湖的“四水”地區(qū)，也都需要加強水土保持工作。
4、三峽工程對水環(huán)境影響問題
　　三峽工程在取得巨大的防洪、生態(tài)環(huán)境效益的同時，對上下游也有一定的不利影響，但通過采取措施，一般能得到消除或減緩。三峽工程對庫區(qū)水質的不利影響主要表現在水位抬高，水流趨緩，不利于污染物的擴散，使現在排污染條件下的岸邊污染范圍擴大。水庫初期正常蓄水位156米，對水質的不利影響范圍主要集中在壩前至長壽縣城附近，水庫按正常蓄水位175米蓄水運行，對水質的不利影響范圍將涉及整個庫區(qū)。為此，三峽工程考慮了對水質不利影響的補償措施。水庫水環(huán)境保護僅靠工程措施是遠遠不夠的，還必須加強水環(huán)境的管理。三峽水庫是長江的一部分，其不僅受到來自上游的污染，同時，三峽水庫水質的好壞也直接影響到下游的生產生活用水，因此，三峽水庫水環(huán)境的保護，應從整個流域的層次上來考慮。
　　盡管目前三峽庫區(qū)總體水質良好，但據長江流域水資源保護局開展的調查，重慶江段有直接入長江排污口79個，另有嘉陵江匯入，據1996年統計，三峽庫區(qū)年均接納廢污水量超過10億噸，其中重慶年排廢污水量8.50億噸；涪陵有排污口22個，年排廢污水量1.35億噸，萬州有排污口22個，年排廢污水量0.81億噸，宜昌在庫區(qū)排污口主要集中在巴東，年排廢污水量0.06億噸。大量未徑處理的廢污水排入庫區(qū)水域后，使沿江城鎮(zhèn)的局部江段已形成了較嚴重的岸邊污染帶。建庫后，流速減緩，復氧和稀釋擴散能力下降，將加重三峽庫區(qū)水體污染。三、對策建議
1、加強法制建設，盡快制訂長江水資源保護條例
　　環(huán)境保護是可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略的重要組成部分，因此環(huán)境保護法制在實現持續(xù)發(fā)展進程中具有舉足輕重的地位。我國實行的“預防為主，防治結合”、“誰污染誰治理”和“強化環(huán)境管理”的三大政策，確立了我國環(huán)境立法的基本原則。
　　應當根據長江水污染的特征和流域內經濟發(fā)展的要求，盡快制訂切實可行的水資源保護條例等有關法規(guī)，以有效地歇制住長江水污染勢頭，保證長江水資源的可持續(xù)利用。
2、統一規(guī)劃，逐步實施，防治長江水污染，保護長江水資源
　　制定長江流域水資源保護規(guī)劃是實現水資源可持續(xù)利用和流域經濟發(fā)展的重要保證。由于流域的跨行政區(qū)、跨部門的特點，由任何部門、地區(qū)來制定規(guī)劃都會帶有片面性。流域的水資源保護和水污染防治應按照流域與區(qū)域相結合的原則進行統一規(guī)劃。由流域機構牽頭，根據整個流域的水資源保護和水污染防治目標、措施和要求，統籌兼顧、綜合論證，統一制定流域規(guī)劃。各地區(qū)、各部門根據流域統一規(guī)劃再制定配套的區(qū)域規(guī)劃。經批準的流域和區(qū)域規(guī)劃是保護水資源，防治水污染的基本依據，應納入流域內各行政區(qū)域國民經濟和社會發(fā)展計劃。
3、加強流域監(jiān)督管理
　　建立完善以長江流域為單元的水資源保護管理體制，實現中央、流域、區(qū)域三級管理。完善落實雙重領導體制，充分發(fā)揮現有流域水資源保護機構作用，且賦予它們必要的管理與監(jiān)督職權，在流域內行使水資源保護監(jiān)督管理職能。
　　加強流域監(jiān)測管理，對規(guī)劃的實施進行監(jiān)督，對省界斷面、水資源保護糾紛和其它水污染事故，以及城市入江排污口實施統一監(jiān)測和管理。
4、建立節(jié)水型經濟和節(jié)水型社會，減少污水排放
　　隨著水資源目益短缺，開發(fā)費用日益昂貴，為緩解水資源矛盾，有效保護水資源，節(jié)約用水確定為我國經濟建設中一項長期的基本政策。長江流域經過多年水利建設，目前供水能力已有很大提高。但預計到本世紀末，長江流域城市和農業(yè)灌溉缺水仍將十分嚴重。解決水資源供需矛盾的辦法，除繼續(xù)建設新的水源工程外，必須大力開展節(jié)水宣傳，實行全面節(jié)水戰(zhàn)略，農業(yè)、工業(yè)、城市都要采取有效的節(jié)水措施，以減少污水排放。
5、湖泊生態(tài)系統退化的上行控制途徑
　　富營養(yǎng)化湖泊的恢復途徑除了采用常規(guī)的環(huán)境工程技術之外，更應重視和采取生態(tài)技術。對于點源污染，通過截污分流，建立污水處理廠進行集中式處理等外部控制手段，湖內污染負荷通過營養(yǎng)物質沉淀，底泥疏浚和引清沖污等內部控制手段得以實施。對于引起湖泊富營養(yǎng)化主要因素的非點污染源，則可以采用加強水陸交錯區(qū)及生態(tài)緩沖帶建設的辦法，使水陸交錯區(qū)作為地表徑流的主要載體以過濾來自陸地徑流中所含的營養(yǎng)物質、化肥和農藥等污染物。由于水陸交錯區(qū)的景觀界面效應使其中的生物種類繁多、生物量大、根系微生物活動強烈，徑流中所攜帶的有機物較多地在這種環(huán)境中被降解，吸附、吸收。該方法已廣泛在國外應用，美國明尼蘇達州Roseville的Mccarrons湖泊上游修建了混合滯留/濕地雨水處理設施和日本霞浦湖建立的生態(tài)緩沖帶，均取得良好的效果。
6、加強宣傳教育，提高全民的水資源保護意識
　　水資源的永續(xù)利用是保障社會經濟發(fā)展的物質基礎。長期以來，人們認為水是取之不盡、用之不竭的廉價的資源。特別是長江流域水資源較豐富而忽略了對水資源的愛惜和保護。因此，要大力加強宣傳教育，更新觀念，提高全民對保護長江水資源重要性的認識。提出倡導講科學，按科學規(guī)律辦事。齊心協力，加快長江流域水資源保護與水污染防治的步伐，為當代和子孫后代留下一個美好的水環(huán)境和生存空間。
7、明確經費渠道，保證投入
　　為促進水資源保護管理工作，保證水資源保護機構經費、正常業(yè)務經費和專項經費的開支需要。培訓和造就一支高素質水資源保護管理隊伍，采用先進技術設備，加強地區(qū)間、區(qū)域間、國際間合作，充分利用各種渠道籌集和安排資金，保證投入。
　　為保證水資源保護管理科學性，有利于制定引導政策，應加大對水資源保護科研的投入，為實現水資源保護可持續(xù)發(fā)展提供技術保障。